Το Αρχαιολογικό Μουσείο Φιλίππων, κτίριο του 1962, έκλεισε τις πόρτες του για το κοινό στα μέσα της δεκαετίας του '90. Ο λόγος ήταν τα πολλά κτιριακά προβλήματα που αντιμετώπιζε και τα οποία έπρεπε να αποκατασταθούν. Οι εργασίες περιλάμβαναν- μεταξύ άλλων- την προσθήκη συστημάτων θέρμανσης και ψύξης, τη στεγανοποίηση του κτιρίου, την τοποθέτηση σύγχρονων χώρων υγιεινής και την επίλυση του ζητήματος προσπελασιμότητας από τα άτομα με ειδικές ανάγκες.
Στη συνέχεια έγιναν εργασίες επανέκθεσης των ευρημάτων της περιοχής. Οι δύο όροφοι του ανακαινισμένου πλέον μουσείου αποτελούν χώρους σχεδόν αδιάσπαστους. Τα ευρήματα που εκτίθενται στις αίθουσες παρουσιάζουν την ιστορία της περιοχής διαμέσου των αιώνων, από την προϊστορική κατοίκηση στην κοντινή θέση Ντικιλί-Τας, τη δημιουργία της αποικίας Κρηνίδες από κατοίκους της Θάσου το 359 π.Χ. και την ανάπτυξη της πόλης ως την κατάλυση του αρχαίου κόσμου.
Το έργο κτιριακής βελτίωσης και επανέκθεσης κόστισε 760.000 ευρώ και χρηματοδοτήθηκε από το πρόγραμμα κοινοτικής πρωτοβουλίας "Interreg IIIA/ Ελλάδα- Βουλγαρία". Όπως εξηγεί στο ΑΠΕ-ΜΠΕ ο προϊστάμενος της ΙΗ' Εφορείας Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων, Ζήσης Μπόνιας, επόμενος στόχος της Εφορείας είναι η προμήθεια φορητών ηλεκτρονικών υπολογιστών, με τη βοήθεια των οποίων ο επισκέπτης θα ξεναγείται στους χώρους του μουσείου. Επίσης, σχεδιάζεται η ενοποίηση του αρχαιολογικού χώρου των Φιλίππων, που θα συμβάλει στην περαιτέρω ανάδειξη της περιοχής.
